Ma la fedeltà non era certo tipica di Jabba. Questi infatti poco tempo dopo accettò di aiutare la [[Tecno Unione]] nel contrabbando di materiali da costruzione e [[cortosis]]. Ciò fu scoperto da [[Raala Ponchar]], che venne però catturata dai Separatisti; Jabba la rinchiuse nel suo palazzo, temendo che la Repubblica avrebbe potuto scoprire il coinvolgimento. [[Anakin Skywalker]] riuscì a rintracciarla e a liberarla; tuttavia, nonostante il suo smascheramento, Jabba fu lasciato in pace dalla Repubblica, che non poteva permettersi di alienarsi il suo impero.
Successivamente, Jabba chiese l'aiuto dei [[Jedi]] per ritrovare suo figlio, [[Rotta Desilijic Tiure|Rotta]], proponendo in cambio il libero transito delle forze repubblicane nello [[Spazio Hutt]]. A rapire Rotta era stato il [[Conte]] [[Dooku]], che successivamente tentò di accusare i Jedi per screditarli agli occhi di Jabba. Quando Anakin Skywalker e la sua [[Padawan]] [[Ahsoka Tano]] riuscirono a riportare Rotta a Tatooine sano e salvo e a smascherare, fra gli altri, il coinvolgimento di [[Ziro Desilijic Tiure]], Jabba si schierò dalla parte della Repubblica nella guerra.
Fu durante le Guerre dei Cloni, peraltro, che ebbe inizio la fruttuosa collaborazione fra Jabba e [[Boba Fett]], figlio di Jango.