Durante la [[Battaglia di Borosk]], lo colpì molto la situazione da guerra civile: non riusciva a credere che [[Stormtrooper]] uccidessero altri Stormtrooper. Da buon soldato, tuttavia, represse le proprie emozioni e seguì gli ordini. Ma la sua disciplina venne rotta quando il [[Signore dei Sith]] al comando della Divisione, [[Darth Maleval]], uccise il [[Tenente][[] Gil Cassel]], accusandolo di essere un incompetente e un debole per non essere stato in grado di uccidere suo fratello, il [[Capitano]] [[Jared Cassel]], che invece era al comando della [[908esima Divisione di Stormtrooper]]. Karr afferrò una [[vibrospada]] e si gettò su Maleval, ma il Signore dei Sith lo sbalzò lontano da lui e lo accusò di essere un traditore, in quanto cercava vendetta per un traditore. Mentre era sul punto di uccidere Karr, Maleval venne colpito alle spalle e ucciso da [[Anson Trask]]; Karr, che aveva sempre ritenuto Karr un novellino incapace, si congratulò con lui per il colpo e abbandonò Borosk, lasciando anche l’Esercito. Il rapporto ufficiale indicò che era caduto in battaglia.
[[Immagine:hondo-karr-2.jpg|thumb|left|Hondo Karr nell'uniforme da Rogue.]]Subito dopo avere lasciato l’Esercito, Karr disertò verso la [[Flotta del Nucleo dell'Alleanza Galattica]] e venne subito accolto come membro della [[Squadriglia Rogue]]. Poco dopo essere giunto a bordo dell’ Indomitable, egli ebbe una rissa con un altro pilota, [[Andurgo]] - che lo accusava di incompetenza -, ma si prese la colpa quando il [[Comandante]] [[Jhoram Bey]] minacciò di punirlo. A seguito di questo, Andurgo cambiò totalmente opinione e invitò Karr a bere qualcosa con lui.
Durante la [[Quarta Battaglia di Mon Calamari]], Karr guidò una squadra di soldati alleati travestiti da Stormtrooper, che prese il controllo del ponte di comando dell’ ''[[Imperious]]'', permettendo all’Alleanza di sottrarla all’Impero.