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La Nuova Repubblica era ancora senza un leader e costretta in un territorio decisamente rimpicciolito. Pertanto su Dac si aprirono le [[Elezioni presidenziali della Nuova Repubblica 27 ABY|elezioni]] per il nuovo Capo di Stato, che risultarono vittoriose per [[Cal Omas]]. Questi mise subito la Repubblica sulla via di un rapido ed efficiente contrattacco. Egli ottenne l'aiuto di alleati importanti, fra qui l'eroe di guerra ex [[Ammiraglio]] [[Ackbar]], [[Bothan]] e l'[[Alleanza dei Contrabbandieri]].
Il ritorno di Jacen Solo, che peraltro aveva liberato [[Vergere]] e sabotato il [[Cervello di Mondo]], contribuì anche alla formazione dell'[[Alpha Red]], un virus letale per i Vong che venne tenuto come ultima spiaggia. Frattanto vennero liberati alcuni mondi e sgominata la Brigata della Pace.
Grazie ad un piano ingegnosamente elaborato da Ackbar, la Repubblica preparò una trappola per gli Yuuzhan Vong presso [[Ebaq 9]]. La flotta della Repubblica riuscì a circondare quella vong e, grazie anche al sacrificio di Vergere, a sconfiggerla definitivamente. [[Jaina Solo]] riuscì anche ad uccidere [[Tsavong Lah]], infliggendo ai Vong la loro più grave sconfitta dall'inizio della guerra. La [[Battaglia di Ebaq 9]], che permise alla Repubblica di riacquisire forza e di tornare l'attacco, fu ricordata come la battaglia decisiva delle sorti dell'intero conflitto.
Con la vittoria di Ebaq 9, Omas annunciò la costituzione, in luogo della Repubblica, di una [[Federazione Galattica delle Libere Alleanze]] — o Alleanza Galattica — per poter finalmente unificare la Galassia sotto un governo giusto e democratico.
===L'Impero in guerra===
Gli [[Yuuzhan Vong]] credevano comunque di avere la situazione in pugno la situazione e ciò li portò ad attaccare i [[Resti dell'Impero]]. Prima ancora che un'ambasceria inviata da Cal Omas potesse raggiungere l'Impero, i Vong attaccarono [[Bastion]], ferendo gravemente lo stesso [[Grand'Ammiraglio]] [[Gilad Pellaeon|Pellaeon]] e costringendo gli Imperiali ad una ritirata forzata. Poco dopo, però, Pellaeon accettò l'aiuto di un gruppo di [[Jedi]] guidati da [[Luke Skywalker]] e sconfisse i Vong nella [[Battaglia di Borosk (Guerra degli Yuuzhan Vong)|Battaglia di Borosk]], allineando l'Impero all'Alleanza.
L'entrata dell'Impero in guerra fu parecchio importante perché fornì all'Alleanza il genio strategico di Pellaeon e alcune delle navi spaziali da guerra più potenti della Galassia.
===L'attacco finale===
Alleatasi con l'Impero e l'[[Ascendenza Chiss]], l'Alleanza era pronta a sferrare il proprio attacco finale per scacciare i Vong da [[Coruscant]]. Specialmente ora che l'eresia cominciava a serpeggiare fra le fila dei Vong ed il loro impero era costantemente messo in bilico dall'impossibilità di difendere con efficacia un territorio tanto ampio.
Soprattutto, [[Luke Skywalker]] riuscì a ritrovare [[Zonama Sekot]].
