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[[Immagine:Yoda_4.jpg|thumb|rightleft|Yoda durante le Guerre dei Cloni.]]All’inizio del conflitto, Yoda vide la guerra direttamente dal fronte durante la [[Battaglia di Axion]], dove guidò i [[clone troopers]] il sella al suo [[kybuck]]. Su questo pianeta, salvò anche la vita del [[Comandante]] [[Brolis]] e sconfisse un droide [[Hailfire]]. Nel periodo della [[Battaglia di Muunilinst]], Yoda si occupò del salvataggio delle [[Jedi]] [[Luminara Unduli]] e [[Barriss Offee]], con l’aiuto della Senatrice [[Padmé Amidala]], nelle [[Caverne dei Cristalli di Ilum|Caverne dei Cristalli]] del pianeta [[Ilum]], attaccate da [[droide camaleonte|droidi camaleonte]]. Yoda percepì il pericolo attraverso la [[Forza]], e durante il combattimento distrusse dozzine di droidi. Su Ilum, Yoda apprese che il tradimento di [[Dooku]] era più profondo di quanto avesse pensato, dato che l’ex [[Maestro Jedi]] aveva dato l’ordine di attaccare il tempio.

Yoda aveva perduto a causa del lato oscuro il suo ex [[Padawan]] prima della guerra, ma durante il conflitto Yoda perse un altro buon amico. Il [[Re]] [[Alaric]] di [[Thustra]] aveva deciso infatti di schierarsi a fianco della [[Confederazione]], a causa della corruzione sempre più diffusa che inquinava la [[Repubblica]]. Yoda si recò sul pianeta per parlare con Alaric, ma il suo vecchio amico era risoluto e, infine, il suo pianeta venne direttamente coinvolto dalla guerra. Non volendo assistere alla devastazione del suo pianeta, Alaric puntò un [[blaster]] verso Yoda, sapendo che il suo amico sarebbe stato costretto a difendersi. Lasciato senza alternativa, Yoda deflesse il colpo verso il Re. Yoda soffrì la perdita del suo amico, ma ancor più grave era che era ormai costretto ad estrarre la sua lama in battaglia, e che avrebbe dovuto farlo in numerose altre occasioni future.