Con la sconfitta di Thrawn la Repubblica decise di concentrarsi sulla liberazione dell'[[Egemonia di Ciutric]], occupata da un [[signore della guerra]] in ascesa: il "[[Principe-Ammiraglio]]" [[Delak Krennel]]. In particolare, Krennel aveva cominciato a denunciare le atrocità commesse dall'Impero in passato e a dichiarare che Ciutric era un rifugio per gli [[Umani]] che volevano sfuggire al "dominio alieno" scaturito dalla Nuova Repubblica. Ciò peraltro gli stava consentendo di radunare molte delle forze imperiali allo sbando. Le parole di Krennel vennero smentite quando venne scoperto il piano per una nuova superarma del tipo della [[Morte Nera]], che in realtà era stata orchestrata dal clone di Ysanne Isard; sta di fatto che ciò diede modo alla Repubblica di invadere e liberare l'Egemonia. Krennel rimase ucciso durante la campagna.
===Il ritorno di Palpatine===
Un anno dopo, la [[Cerchia Stretta dell'Imperatore]] e altre fazioni in lotta nella [[Guerra Civile Imperiale]] decisero di allearsi, incoraggiati dalle imprese di Thrawn. Unendo le loro forze, lanciarono un attacco al centro della Galassia e riuscirono addirittura a [[Quarta Battaglia di Coruscant (Guerra Civile Galattica)|riconquistare]] [[Coruscant]], insediandosi nuovamente nel Centro Imperiale. Qui la Cerchia propose di eleggere un nuovo [[Imperatore Galattico|Imperatore]] e di ricostruire l'apparato burocratico, a partire dal [[Senato Imperiale]]. Tuttavia ben presto la Cerchia entrò in contraddizione con i [[Moff]] alleatisi, che volevano avere il potere assoluto sui settori da essi governati, mentre i consiglieri pensavano ad un nuovo Senato come ad un controaltare per la decentralizzazione del potere che aveva causato la Guerra Civile Imperiale. Inoltre, l'[[Esercito Imperiale|Esercito]] e la [[Marina Imperiale|Marina]] rivendicarono ognuno per sé l'elezione di un nuovo [[Comandante Supremo (Impero)|Comandante Supremo]], mentre i [[Servizi Segreti Imperiali|Servizi Segreti]] e l'[[Ufficio di Sicurezza Imperiale|Ufficio di Sicurezza]] avviarono una silenziosa guerra intestina. Un tentativo di colpo di stato da parte del [[COMPNOR]] fece riesplodere la guerra civile.
Fu in questo momento che riemerse, reincarnatosi in un clone, l'[[Palpatine|Imperatore Palpatine]]. Dopo aver tentato di convertire [[Luke Skywalker]] al [[lato oscuro]] e avere sfoggiato nuove superarmi, fra cui il [[Cannone Galattico]], Palpatine lanciò l'[[Operazione Mano Ombra]] dalla propria fortezza di [[Byss]], attorniandosi di un'[[Elite del Lato Oscuro]].
L'Operazione fu devastante per la Repubblica specialmente a causa dell'uso del Cannone Galattico, in grado di distruggere interi pianeti. Nel frattempo, però, Skywalker riuscì a organizzare un nucleo di nuovi [[Jedi]] con i quali combatté le forze oscure di Palpatine. Su [[Onderon]], mentre quest'ultimo cercava di impossessarsi del figlio non ancora nato di [[Leia Organa]], [[Anakin Solo]], Palpatine venne ucciso da Han Solo e il suo spirito, assorbito da [[Empatoyajos Brand]], morì per sempre.
Il primo tentativo di riunificazione dell'Impero – conteso fra i vari signori della guerra – fu portato dal Grand'Ammiraglio [[Thrawn]], il quale riunì gran parte della Flotta Imperiale e riconquistò diversi pianeti perduti. Era oramai ad un passo dallo schiacciare la [[Nuova Repubblica]] quando fu tradito dalle sue guardie del corpo Noghri, portate da Leia alla causa della [[Nuova Repubblica|Repubblica]]. Morto [[Thrawn]], al resto degli ufficiali al suo servizio non restò che ritirarsi. Fu così che, dopo un anno di vittorie, ebbe fine la [[Campagna di Thrawn]].