[[Immagine:41st_Elite_Corps.jpg|thumb|180px|left|Membri del 41esimo Corpo d'Elite su Coruscant]]Nel primo anno di guerra, l'unità partecipò alla [[Battaglia di Dinlo]], dove furono messi in difficoltà dalle armate dei [[Confederazione dei Sistemi Indipendenti|Separatisti]]. Il Generale Jedi [[Tur-Mukan]] guidò un piano di evacuazione da [[Dinlo]]. Ebbero in seguito la possibilità di godere di un periodo di franchigia su [[Coruscant]], che fu in parte anche una copertura per le azioni di [[Kal Skirata]].
Il 41esimo fu presente su [[Rodia]], in seguito alla crisi diplomatica che aveva condotto alla cattura da parte del [[Viceré]] [[Nute Gunray]], della [[Federazione dei Mercanti]], della [[Senatore|Senatrice]] [[Padmé Amidala]]; contattati in modo rocambolesco, atterrarono sul pianeta e presero in consegna il Viceré, la cui sorte si era rovesciata ed era ora lui stesso ad essere prigioniero. Scortato a bordo dello [[Star Destroyer di classe Venator|Star Destroyer di classe ''Venator'']] ''[[Tranquillity]]'', fu poi liberato da un'azione di [[Asajj Ventress]] con l'aiuto di un capitano repubblicano traditore chiamato [[Faro Argyus]].Il [[ Comandante]][[Gree]] si scontrò personalmente con il doppiogiochista, ma ebbe la peggio e il Viceré fu liberato. Ironia della sorte, [[Faro Argyus]], dopo essere fuggito insieme a [[Nute Gunray]] e a [[Asajj Ventres]] fu ucciso proprio da quest'ultima. Durante quella missione la [[Compagnia Verde]] perse 18 uomini nel tentativo di fermare l'avanzata dei [[Super droide da battaglia B2|Super droidi da battaglia B2]] penetrati all'interno dello scafo della ''[[Tranquillity]]'' .
Su [[Alzoc III]] l'unità fu chiamata a investigare su alcune misteriose azioni separatiste nel sistema, trovandosi a risolvere il caso di un naufragio sospetto di una nave separatista che trasportava due campioni di arma gravitazionale altamente classificati. Indagando grazie alle doti di hacker di Gree sui resti delle console della nave precipitata, i cloni e le [[Jedi]] Luminara Unduli e [[Aayla Secura]], al comando della missione, scoprirono che qualcuno si era attraccato alla nave, aveva sottratto uno dei due prototipi dell'arma e poi era fuggito; la nave nel frattempo era esplosa e precipitata sul pianeta, creando un'anomalia gravitazionale. Dalle registrazioni videro che Asajj Ventress era stata sul luogo dell'incidente per conto della CSI e aveva visitato i resti della nave, impostandone poi l'autodistruzione. Le Jedi si confrontarono con la [[Jedi Oscuro|Jedi Oscura]], sconfiggendola.