Avendo abbandonato ufficialmente il servizio della Nuova Repubblica, Wedge e i suoi piloti furono costretti a trasferire il loro quartier generale; con l’aiuto di Cracken, si stabilirono in segreto nell’ex-base imperiale di [[Yag’Dhul]]. Insieme a [[Corran Horn]], [[Mirax Terrik]] e [[Ooryl Qrygg]], Wedge riuscì a procurarsi armi e parti di ricambio per i caccia dei Rogue, che erano stati recuperati da [[Tycho Celchu]] prima che la Nuova Repubblica riuscisse a rivenderli. Dopo aver ricostituito una squadriglia Rogue “ufficiale” dotata di nuovi velivoli e armamenti, la Nuova Repubblica aveva infatti tentato di disfarsi dell’equipaggiamento dei piloti dissidenti.
Con l’aiuto di alcuni gruppi di resistenti, Wedge tentò di spezzare il dominio di Isard su Thyferra mediante azioni di guerriglia e attacchi mirati agli [[Star Destroyer]] imperiali. Dapprima Antilles tese una trappola a [[Sair Yonka]], capitano dell’''[[Avarice]]'', e lo convinse a collaborare con i Rogue in cambio di un’ingente somma di denaro. Wedge lasciò poi trapelare l’ubicazione della base dei Rogue su Yag’Dhul per attirarvi la ''[[Virulence]]'' che, rimasta isolata, fu costretta alla resa. Un’identica sorte toccò infine alla ''[[Lusankya]]'', che si arrese a Wedge e ai suoi alleati nell’orbita di Thyferra. In veste di nuovo capitano della ''Lusankya'', al termine della battaglia Antilles unì in matrimonio Corran Horn e Mirax Terrik. In seguito, la squadriglia Rogue fu reintegrata nella Nuova Repubblica. Ai piloti fu comunicato che, per via di un “errore” informatico, le loro dimissioni non erano mai state ufficializzate; di conseguenza, la [[battaglia di Thyferra]] risultò una vittoria della Nuova Repubblica a tutti gli effetti. Dopo la Guerra del bacta, Wedge fondò insieme a [[Wes Janson]] la [[squadriglia Wraith]] per condurre una campagna contro Zsinj. Il signore della guerra, nel tentativo di creare dissidi in seno alla Nuova Repubblica, aveva avviato il [[Progetto Campo minato]] e il [[Progetto Funerale]]; mediante tecniche sperimentali di lavaggio del cervello, agenti non-umani venivano indotti ad attaccare obiettivi [[Umana|umani]]. In seguito a numerosi tentativi di omicidio ai danni di personalità influenti della Nuova Repubblica, le relazioni tra gli umani e le altre specie si fecero tese. Wedge stesso subì un attentato ad opera del [[Twi’lek]] [[Tal’dira]].
===Campagna di Thrawn===