Quando Thrawn attaccò [[Bpfassh]], Wedge fece parte della delegazione incaricata di recarsi sul pianeta per valutare l'entità dei danni subiti. Il gruppo subì un'imboscata dei commando [[Noghri]], che tentarono di rapire [[Leia Organa Solo]]; Wedge e i Rogue riuscirono a respingere gli assalitori.
Per tutta la durata del regno del terrore di Thrawn, Wedge continuò a servire fedelmente la Nuova Repubblica ai comandi del suo [[X-Wing]]. I Rogue parteciparono a numerosi scontri, tra cui la [[Battaglia di Sluis Van]] e la [[Battaglia per la flotta Katana]]; durante varie missioni furono inoltre assegnati alla scorta di [[Leia Organa Solo e del Millennium Falcon]]. Wedge ebbe un ruolo fondamentale nella risolutiva [[battaglia di Bilbringi (Guerra Civile Galattica)|Battaglia di Bilbringi]], che vide la sconfitta definitiva di Thrawn. Grazie all'aiuto di [[Aves]], uno dei capitani di [[Talon Karrde]], Antilles e i Rogue riuscirono a infiltrarsi nel cantiere navale di Bilbringi e a distruggere una stazione di difesa orbitale [[Golan II]]. In seguito alla vittoria di Bilbringi, l'ammiraglio [[Ackbar]] offrì a Wedge la promozione al rango di [[generale]] e ufficiale di collegamento con il [[Comando dei caccia stellari]]. Antilles accettò, a condizione però che gli fosse consentito di continuare a condurre personalmente la [[squadriglia Rogue]] in battaglia. Durante i festeggiamenti per la promozione, Wedge improvvisò per la prima volta quello che poi sarebbe divenuto noto come il [[Discorso istantaneo di Antilles in quattro punti]].
===Operazioni speciali contro l'Imperatore rinato===