Nove anni dopo la [[Battaglia di Yavin]], il [[Grand'Ammiraglio]] [[Thrawn]] iniziò la sua [[Campagna di Thrawn|campagna]] per riunificare la [[Flotta Stellare Imperiale]] e colpire al cuore la [[Nuova Repubblica]]. Stratega brillante, Thrawn riuscì più volte a sconfiggere il nemico sul campo di battaglia; ma il vero genio — e pericolo — di Thrawn stava nel fatto che riusciva a trasformare le sue sconfitte in piccoli contrattempi, mentre le sue vittorie erano devastanti per la Repubblica.
Thrawn, grazie anche alle divisioni create nel [[Consiglio Interno]] fra [[Ackbar]] e [[Borsk Fey'lya]], riuscì in molte delle sue operazioni militari, in particolare nella presa della [[Flotta Katana]]. Ancora una volta grazie agli sforzi della Principessa Leia, nonché di suo marito [[Han Solo]], la Repubblica riuscì a stringere un patto con l'[[Alleanza dei Contrabbandieri]] e a "riassorbire" [[Garm Bel Iblis]], uno dei fondatori dell'[[Alleanza Ribelle]] che se ne era poi distaccato. Ciò aumentò considerevolmente le forze della Repubblica, ma non impedì a Thrawn di lanciare attacchi contro mondi ritenuti più che sicuri, fra cui la stessa [[Coruscant]] e diversi bersagli nel nell'[[Nucleo Orlo Interno]].
La sconfitta di Thrawn giunse con la [[Battaglia di Bilbringi (Guerra Civile Galattica)|Battaglia di Bilbringi]], quando la sua guardia del corpo, [[Rukh]], lo assassinò, privando la flotta imperiale della sua guida. La campagna, secondo una stima fatta da Ackbar, costò alla Repubblica il 40% delle sue forze, nonché molta della sua credibilità.
A questo punto, l'Impero era praticamente ridotto a tredici [[Signore della guerra|signori della guerra]] che operavano perlopiù circoscritti nel [[Nucleo Profondo]]. La Nuova Repubblica non agì contro di loro, convinta che la mancanza di commercio avrebbe segnato il loro crollo naturale.
Il primo tentativo di ===La riunificazione dell'Impero – conteso fra i vari signori della guerra – fu portato dal Grand'Ammiraglio ===Un punto di svolta nel conflitto avvenne nel [[Thrawn12 ABY]], il quale riunì gran parte della Flotta Imperiale e riconquistò diversi pianeti perduti. Era oramai ad un passo dallo schiacciare la In questa data, l'[[Nuova RepubblicaAmmiraglio]] quando fu tradito dalle sue guardie del corpo Noghri, portate da Leia alla causa della [[Nuova Repubblica|RepubblicaNatasi Daala]]. Morto convocò una riunione dei tredici signori della guerra rimasti per discutere la loro riunificazione sotto un leader comune allo scopo di mettere finalmente fine alla [[ThrawnGuerra Civile Imperiale]], al resto degli ufficiali al suo servizio non restò che ritirarsi. Fu così che, dopo I signori della guerra però non riuscirono a trovare un anno di vittorieaccordo e Daala, ebbe fine la di comune accordo con il [[Campagna di ThrawnVice Ammiraglio]][[Gilad Pellaeon]], li assassinò, prendendo il controllo di tutto ciò che restava dell'Impero.
Successivamente, l'Una volta riorganizzata la [[Imperatore|ImperatoreFlotta Imperiale]] Palpatine si rivelò risorto in un clone e scatenò le sue forze contro la Galassia in un'operazione di terrore nota come Operazione Mano Ombra. Egli si circondò di , Daala mosse su [[Jedi OscuriYavin 4]] e contrastò per distruggere il nascente [[Nuovo Ordine Praxeum Jedi]] che [[Luke Skywalker]] stava cercando di creare. Tuttavialocale, l'[[Imperatore|Imperatore]] venne tradito da [[Carnor Jax]], il quale sabotò mentre i suoi clonisottoposti compivano altre incursioni. Quando tentò di reincarnarsi nel giovane corpo di [[Anakin Solo]], [[Palpatine]] fu definitivamente eliminato dal vecchio Grazie agli sforzi dei [[Cavaliere Jedi]] [[Empatojayos Brand[[però il suo tentativo fallì ed ella decise di passare il comando a Pellaeon. La morte dellNonostante la brevità di questa campagna, essa ebbe forti risonanze future perché permise all'[[Imperatore|Imperatore]] risorto permise alla [[Nuova Repubblica]] Impero di riconquistare i territori perdutiritrovare l'unità.
[[Carnor Jax]] fondò un Consiglio Imperiale ad interim===Le campagne di Pellaeon===Pellaeon si mise subito al lavoro per lanciare una nuova ondata di attacchi. I disaccordi interni e la lotta Già sei mesi dopo, infatti, Pellaeon poté lanciare un'offensiva contro l'ex-Guardia Reale Kir Kanos, portarono il Consiglio all'impotenza e lasciarono la [Nuova Repubblica[Orlo Intermedio]] libera che ebbe il suo culmine nella [[Battaglia di assorbire sempre più pianetiOrinda]], una importante vittoria (la prima dopo tanto tempo) per l'Impero.
L'Impero venne riunificato (per gran parte) dall' Ammiraglio [[Daala]], nel 12 ABY. Ma anche lei fallì nei suoi propositi per distruggere la [[Nuova Repubblica|Repubblica]] e affidò il comando all'Ammiraglio Pellaeon. Assunto il controllo della Flotta Imperiale (e di fatto anche dell'Impero stesso), Pellaeon riuscì a lanciare una campagna militare di successo e a riconquistare numerosi pianeti. Tuttavia, la [[Nuova Repubblica|Repubblica]] si riprese rapidamente e riuscì a combattere l'anziano Ammiraglio; il conflitto si tramutò in una guerra di posizione.