Nel contempo, Pellaeon fece accordi con alcuni dubbi alleati. Fra di essi vi erano l'[[Ammiraglio]] [[Delak Krennel]] e il [[Jedi Oscuro]] [[Desann]], che elaborarono un piano per creare un esercito di "[[Risorti]]" per distruggere il [[Nuovo Ordine Jedi]] fondato da [[Luke Skywalker]]. Il piano dei Risorti fallì quando [[Kyle Katarn]] uccise sia Krennel sia Desann, mandando in frantumi i loro oscuri progetti. Poco dopo, l'apprendista di Desann, [[Tavion Axmis]], fondò il movimento dei [[Discepoli di Ragnos]] tentando di resuscitare l'antico [[Signore Oscuro dei Sith]] [[Marka Ragnos]], ma fallì nuovamente grazie a Katarn ed al suo apprendista [[Jaden Korr]].
===Crisi e insurrezioni===
Nonostante la tregua di fatto con l'Impero, la [[Nuova Repubblica]] fu tutt'altro che tranquilla, poiché dovette affrontare una serie di crisi e insurrezioni interne che misero a dura prova il suo sistema politico e la sua credibilità.
Innanzitutto, nel [[14 ABY]] [[Hethrir]], ex [[Procuratore di Giustizia]] di [[Palpatine]] e attualmente capo del movimento [[Impero Risorto]], tentò di rapire il giovane [[Anakin Solo]] per sacrificarlo a [[Waru]], un essere trans-dimensionale che, secondo Hethrir, avrebbe potuto fornirgli i poteri necessari a ricostruire l'Impero. Tuttavia il suo piano fu sventato da [[Luke Skywalker]], che riuscì a recuperare Anakin; Waru, infurato per il mancato sacrificio, consumò Hethrir stesso al suo posto, quindi lasciò la [[Galassia]] conosciuta.
Due anni dopo scoppiò la [[Crisi della Flotta Nera]], che si prolungò per un anno, quando la [[Lega Duskhan]], sotto il comando del [[Viceré]] [[Nil Spaar]], attaccò l'[[ammasso di Koornacht]]. [[Leia Organa Solo]], benché la sua leadership fosse messa in discussione da molti settori del governo, agì con risoluzione e fermezza e portò la Repubblica in guerra contro gli [[Yevetha]], che stavano nel frattempo massacrando le popolazioni dei pianeti conquistati. Il conflitto portò alla morte di Nil Spaar e alla dissoluzione della Lega, nonché ad una notevole riacquisizione di popolarità da parte di Organa.
Alcuni mesi dopo, il [[Jedi Oscuro]] [[Kueller]] orchestrò la [[Rivolta di Almania]] e riuscì quasi a mettere in crisi l'intero sistema politico della Repubblica, ma a sua volta fallì grazie anche all'intervento dei [[Jedi]].
In ultimo, nel [[18 ABY]], la [[Triade Sacorriana]] scatenò la [[Prima Insurrezione Corelliana]] per staccare il [[sistema corelliano]] dalla Repubblica. Il tentativo fallì quando il ruolo della Triade venne smascherato, ma in ogni caso portò ad un forte risentimento di molti Corelliani verso la Repubblica, nonché alle dimissioni a tempo indeterminato della stessa Leia Organa, sostituita provvisoriamente da [[Ponc Gavrisom]].
Inoltre, la Nuova [[Repubblica|Repubblica]] dovette affrontare anche varie crisi interne, fra cui la [[Prima Insurrezione Corelliana]]. Alla minaccia imperiale si aggiunsero più volte altri pericoli esterni, come gli Yevetha e gli Ssi-ruuk.