[[Immagine: Malgus_2.jpg|thumb|left|200px|Malgus combatte Ven Zallow.]]
Con lo scoppio della [[Grande Guerra Galattica]], Malgus divenne sempre più controverso fra i Sith. Se da una parte era un guerriero formidabile, capace di massacrare interi gruppi di [[Jedi]] senza ricevere nemmeno una ferita, dall'altro era conosciuto per la sua opposizione alla politica imperiale dominante, in quanto erano frequenti i suoi appelli per riforme del sistema. Ciò gli aveva portato non pochi nemici, ma le sue indubbie capacità e il fatto che mancasse di una base d'appoggio per una eventuale scalata al potere portarono da una parte l'Impero a non ricorrere a ripercussioni, dall'altra lui stesso a seguire diligentemente gli ordini.
Dopo essere stato proclamato "Darth", Malgus lanciò una serie di attacchi a sorpresa contro la Repubblica. Il primo sfociò nella [[Battaglia di Alderaan (Grande Guerra Galattica)|Battaglia di Alderaan]] e fu una sconfitta che lo lasciò peraltro orrendamente sfigurato.
Malgus fu uno dei Sith posti in comando del [[Sacco di Coruscant]], alla fine del conflitto. In particolare egli diresse l'attacco contro il [[Tempio Jedi]] e qui massacrò diversi guerrieri della luce, fra cui [[Ven Zallow]], la sua vittima più famosa.