Quando il pianeta [[Christophsis]] fu invaso dai [[Separatisti]], Anakin e Obi-Wan furono incaricati di guidare le forze di difesa della Repubblica, assieme al [[Comandante]] [[Cody]] e al [[Capitano]] [[Rex]]. Dopo aver organizzato le prime difese e subito i primi attacchi nemici, apparve evidente che vi era una spia fra le truppe che inviava informazioni ai Separatisti. Per cercare di scoprire l'identità del traditore, Anakin e Obi-Wan oltrepassarono le linee nemiche e furono attaccati da [[Asajj Ventress]], dalla quale però riuscirono a fuggire.
[[Immagine:anakin_skywalker_19.jpg|thumb|left|250px|Obi-Wan e Anakin incontrano per la prima volta [[Ahsoka Tano]].]]Tornati alla base, i Jedi scoprirono che Rex e Cody avevano trovato la spia: si trattava del clone [[Slick]], sicuro in questo modo di liberare i cloni dalla schiavitù, non rendendosi conto che era solo riuscito a mettere in pericolo le vite dei suoi fratelli.
[[Immagine:anakin_skywalker_19.jpg|thumb|left|250px|Obi-Wan e Anakin incontrano per la prima volta [[Ahsoka Tano]].]]Nella battaglia successiva, Anakin e Obi-Wan riuscirono a respingere la prima ondata di droidi, ma presto ne avanzò una seconda, costringendo Obi-Wan e Cody ad attirare l'attenzione dei droidi, mentre Anakin, Rex e la [[Compagnia Torrent]] si occupavano dei tri-droidi. In questo modo le forze del generale [[Worm Loathsom]] furono costrette a ritirarsi. In quel momento arrivò uno shuttle con a bordo una giovane Jedi di nome [[Ahsoka Tano]], la quale portava un messaggio dal [[Consiglio Jedi]]: fare immediatamente ritorno a [[Coruscant]]. Ahsoka inoltre era stata assegnata ad Anakin per essere sua [[Padawan]], cosa che lo sorprese non poco. Dopo aver cercato inutilmente di contattare [[Yoda]], Anakin decise di prendere con se la Padawan nella missione successiva.
Sfortunatamente, Loathsom aveva attivato uno scudo deflettore dentro al quale avanzavano le sue armate. Anakin e Ahsoka tuttavia riuscirono a infiltrarsi fra le linee nemiche e a disattivare lo scudo. Così i Separatisti si arresero a Kenobi, ed Anakin accettò di buon grado la sua nuova Padawan.