Dopo l'arresto di [[Padmé Amidala]], [[Anakin Skywalker]] e [[Obi-Wan Kenobi]] su [[Geonosis]], il [[Senato Galattico]] dotò [[Palpatine]] dei poteri militari d'emergenza, con i quali egli ordinò la fondazione del [[Grande Esercito della Repubblica]]. Al contempo, l'[[Alto Consiglio Jedi]] entrò in guerra ed i [[Jedi]] ottennero importanti incarichi di direzione, divenendo generali e comandanti dei cloni, in guerra per la prima volta dalle [[Nuove Guerre Sith]]. A seguito della [[Battaglia di Geonosis (Guerre dei Cloni)|Battaglia di Geonosis]], la guerra dilagò per tutta la [[Galassia]].
===Le prime fasiAnno I (22 BBY–21 BBY)===
Nelle fasi iniziali del conflitto, la [[Repubblica Galattica|Repubblica]] ebbe decisamente la meglio. Mentre la guerra si spandeva sempre più e giungeva anche sui pianeti principali delle due fazioni, quali per esempio [[Raxus Prime]] e [[Kamino]], la [[CSI]] tentava di sviluppare delle armi per far fronte al proprio iniziale svantaggio e ribaltare le sorti del conflitto. La prima di queste fu l'[[Oscura Mietitrice]], antica arma risalente addirittura alla [[Grande Guerra dei Sith]], che però venne distrutta. Analogamente avvenne per le altre armi sviluppate dalle organizzazioni della [[CSI]], specialmente dalla [[Tecno Unione]].
Il conflitto divenne ben presto una guerra di posizione, con scontri non decisivi e insurrezioni provocate dai Separatisti locali dei vari pianeti. E sarebbe rimasto così per diversi mesi.
====Caccia al Decimator====
====Crisi dell'Oscura Mietitrice====
====La difesa di Kamino====
====La conquista di Muunilinst====
====La cattura di Mon Calamari====
====La battaglia di Dantooine====
====La difesa di Ilum====
====La battaglia di Hypori====
===Riscossa separatistaAnno II (21 BBY–20 BBY)===
Il [[20 BBY]] vide una serie di vittorie confederate che fecero temere per le sorti dell’intero conflitto.
Mentre la situazione tornava a bilanciarsi e le atrocità di [[Grievous]] si facevano sempre più pesanti, la [[Repubblica Galattica|Repubblica]] cominciò a sviluppare una certa forma di terrorismo per incrementare la paura che già esisteva nei pianeti da essa controllati verso il pugno di ferro di [[Dooku]] e del suo generale cyborg. Più volte [[Armand Isard]], [[Direttore dell'Ufficio Senatoriale dei Servizi Segreti|Direttore]] dell'[[Ufficio Senatoriale dei Servizi Segreti]], mascherò come di origine separatista incidenti causati in realtà dalla stessa [[Repubblica Galattica|Repubblica]].
====La guerra si inaspriscebattaglia di Christophsis========La battaglia di Teth========Missione al Palazzo di Jabba========La Malevolence========Infiltrazione su Rishi========La terza battaglia di Kamino========La battaglia di Bothawi========Missione sulla ''Vulture's Claw''========Missione sulla Stazione Skytop========La cattura del Viceré Gunray=========Missione su Rodia==========La fuga di Gunray==========I Jedi in trappola=========Pirati========Quell e Maridun========Missione sulla terza luna di Vassek========La battaglia di Maridun========La battaglia di Orto Plutonia========Il virus "Ombra Blu"========Missione su Toydaria========La battaglia di Ryloth========Missione su Rugosa========La fuga di Ziro lo Hutt========La battaglia di Felucia========Guardie e ladri========Il furto dell'holocron=========Missione al Tempio Jedi==========La battaglia di Devaron==========Missione su Glee Anselm==========Seconda missione su Rodia==========Missione su Naboo==========Missione sulla Stazione Black Stall==========Missione su Mustafar=========Missione su Cato Neimoidia========Seconda battaglia di Geonosis=========Uno schieramento problematico==========Attacco alla fonderia==========Luminara rapita=========Contagio a bordo della nave rifornimenti========La caccia a Grievous========Crisi su Mandalore========Il blocco di Pantora========Schermaglia su Felucia========La battaglia di Malastare==== ===Anno III (20 BBY–19 BBY)===
Fra il [[20 BBY|20]] e il [[19 BBY]], le Guerre dei Cloni conobbero un forte inasprimento, dovuto soprattutto all'acuirsi del conflitto. Sia Repubblicani ché Separatisti volevano infatti mettervi rapidamente fine e tentarono di riuscirci in tutti i modi.