[[Immagine:Yoda_3.jpg|thumb|left|Yoda affronta Dooku in duello.]]Mentre i cloni della Repubblica ingaggiavano i droidi dei Separatisti, la [[Guerra dei Cloni]] ebbe inizio. Yoda, con il grado di generale, superviosionò la battaglia dal centro di comando. I cloni sconfissero facilmente le forze Separatiste su [[Geonosis]], ma molte riuscirono a fuggire. Yoda, seguendo il suo istinto, si recò in un hangar nascosto, dove il [[Conte]] [[Dooku]] aveva appena ferito gravemente [[Obi-Wan Kenobi]] e [[Anakin Skywalker]]. Yoda e Dooku iniziarono a duellare. All’inizio misero alla prova i loro poteri della [[Forza]], in quanto Dooku aveva cercato di seppellire il piccolo [[Maestro Jedi]] con detriti rocciosi. Yoda riuscì abilmente a respingere i suoi assalti, fra cui anche i Fulmini di Forza. La contesa infine fu decisa con le [[spade laser]], durante la quale entrambi i maestri dimostrarono le loro abilità. Dooku capendo di non poter eguagliare l'abilità di Yoda riuscì a fuggire, sfruttando il momento in cui il vecchio [[Jedi]] era impegnato a difendere Obi-Wan e Anakin dal crollo di una parete.
[[File:Yoda_meditazione.jpg|thumb|right|200px|Yoda in meditazione.]]La prima battaglia della [[Guerra dei Cloni]] si risolse con una vittoria per la Repubblica, ma Yoda era piuttosto preoccupato. Su tutto era calata l’ombra del [[lato oscuro]], e la capacità di giudizio dei [[Jedi]] era stata offuscata dall’arroganza e dalla compiacenza. Non solo molti Jedi avevano trovato la morte su [[Geonosis]], ma addirittura la natura della morte stessa risultava poco chiara agli occhi del saggio maestro. Mentre stava meditando, Yoda aveva percepito un traumatico evento vissuto da [[Anakin Skywalker]]. In quel momento, sentì anche la voce di [[Qui-Gon Jinn]], il Maestro Jedi morto dieci anni prima. Era impossibile per un Jedi mantenere la propria identità dopo essere diventato uno con la [[Forza]], eppure lo aveva sentito.
[[File:Yoda_meditazione.jpg|thumb|right|Yoda in meditazione.]]Attraverso la meditazione, fu in grado di comunicare con lo spirito di Qui-Gon Jinn. Il deceduto [[Maestro Jedi]] che aveva scoperto una esoterica e potente tecnica per preservare la propria identità persino dopo la morte. Un’abilità della [[Forza]] affinata al di fuori dell’[[Ordine Jedi]]: questo metodo era infatti stato sviluppato da uno Sciamano degli [[Whill]]. Negli anni a venire, Yoda avrebbe studiato queste teniche, imparando l’abilità in un ruolo che non aveva interpretato da secolo: quello di apprendista. Ma prima di questo, Yoda avrebbe dovuto sopravvivere all’ascesa dei [[Sith]].
Come tutti i Jedi del suo rango, Yoda divenne [[Generale]] nella [[Guerra dei Cloni]], e guidò le armate di cloni in battaglia contro la [[Confederazione dei Sistemi Indipendenti]]. Fu un periodo tumultuoso per i [[Jedi]], alcuni di loro non erano d’accordo con la politica con la quale veniva gestita la guerra, e lasciarono l’Ordine per protesta. Riconoscendo che il dissenso fra i ranghi dei Jedi avrebbe mostrato l’Ordine debole agli occhi della Repubblica e dei suoi nemici, Yoda era molto preoccupato da questo evolversi degli eventi.