Ritornato sulla [[Rogue Shadow]], l'apprendista chiede a Kota di chiamare il senatore [[Bail Prestor Organa|Organa]] per pianificare il prossimo attacco. Convinto dai successi e dall'entusiasmo di Galen, Bail Organa raduna i suoi alleati su [[Corellia]] e proclama la nascita dell'[[Alleanza Ribelle]]. Dopo questo evento, Vader attacca il suo alievo e i suoi alleati uccidendo il droide PROXY che si era camuffato olograficamente da [[Obi Wan Kenobi]], per difendere il suo padrone Galen ma non poté niente contro la potenza dell'oscuro signore dei Sith, in seguito quest'ultimo rivela al suo apprendista il malvagio piano architettato. Dopo essere riuscito a fuggire in extremis, Galen decide di attaccare la [[Morte Nera]] ancora in costruzione. Prima del suo arrivo nella stazione spaziale, bacia teneramente la sua amata [[Juno Eclipse|Juno]], per la prima e ultima volta. [[Starkiller]] si fa strada fino a [[Anakin Skywalker|Vader]], e, in uno scontro all'ultimo sangue, l'allievo sconfigge il maestro danneggiandogli gravemente l'armatura, il respiratore artificiale e distruggendogli la maschera vedendo cosi' il vero volto sfigurato del suo vecchio maestro. Il gioco, ora si può affrontare in due diversi modi, il Finale Jedi o quello Sith.
Finale Jedi: divenuto ormai un Jedi, Galen affronta l'[[Palpatine|imperatore]] in duello e arriva sul punto di sconfiggerlo. Ma una distrazione, la stessa pietà imposta dal codice [[Jedi]] che [[Mace Windu]] dovette dimenticare nello scontro con [[Palpatine|Sidious]], gli è fatale. Mentre i capi ribelli fuggono con la [[Rogue Shadow ]] pilotata da Juno, il ragazzo rimane sulla [[Morte Nera ]] per finire lo scontro con l'imperatore e permettergli la fuga. Galen, mentre cerca di parare i fulmini della forza dell'Imperatore, riesce ad arrivare fino all'imperatore stesso, e attacca generando una grande esplosione. Alla fine di essa, però, Galen muore. L'Imperatore stesso afferma che la sua morte l'ha reso molto più forte:su [[Kashyyyk ]] infatti, il maestro [[Rahm Kota ]] svela a Juno di aver sempre saputo, in fondo, l'identità del ragazzo. Con l'estremo sacrificio di un [[Sith ]] che aveva provato a vivere nel bene e ne era rimasto incantato, nasce così l'[[Alleanza Ribelle]]. Questo filmato è considerato definitivamente canonico dalla LucasArts, tant'è vero che il seguito diretto inizierà proprio da questo finale.
Finale Sith: Starkiller sceglie di affrontare Vader che, anche se prima indebolito, ha già riacquistato le forze. Dopo aver trafitto il suo vecchio Maestro con entrambe le due spade, vale a dire sia la propria sia quella dello stesso Signore Oscuro dei [[Sith]], ritorna dall'Imperatore che sta torturando ancora [[Rahm Kota |Kota]] con i suoi fulmini. I Senatori sono scomparsi, e Darth Sidious chiede a Starkiller di abbattere Kota, diventando così un Signore dei Sith come Vader. Ma l'apprendista non riesce ad infliggere il colpo, e si scaglia su di lui che è gia pronto a parare il colpo. Quest'ultimo lo scaglia contro una vetrata, scoprendo un'altra stanza. Nel frattenpo arriva Juno, ma l'[[Palpatine|Imperatore ]] prende il controllo della [[Rogue Shadow ]] con una presa della Forza. Starkiller apprende che l'Imperatore ha ucciso i Senatori mentre era impegnato ad uccidere [[Anakin Skywalker|Darth Vader]]. Con una risata, [[Palpatine ]] fa precipitare la nave contro l'apprendista, ferendolo gravemente e causando la morte di Juno. A quel punto, Galen, ripresosi, si risveglia in una sala operatoria molto simile a quella in cui Anakin Skywalker era stato trasformato in [[Anakin Skywalker|Darth Fener / Vader]], e Galen stesso scoprirà di essere lui quello che adesso ha un'armatura, mentre l'Imperatore lo avvertirà sul suo futuro. Questo finale alternativo , non è considerato lineare e canonico alla timeline della saga.
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