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Benché dietro alla [[CSI|CSI]] ci fosse il [[Signore dei Sith]] [[Darth Sidious]], essa aveva un ben definitico definito complesso governativo. Alla sua testa stava un [[Capo di Stato della CSI|Capo di Stato]], con poteri praticamente illimitati. Al di sotto di esso, stava il [[Consiglio Separatista]], con poteri esecutivi e legislativi; il [[Consiglio Separatista|Consiglio]], formato dai principali componenti della [[CSI|CSI]], era diretto da un individuo che faceva le funzioni di [[Capo del Governo]].

Il [[Comandante Supremo delle Forze Armate della CSI|Comandante Supremo delle Forze Armate]], pur non avendo nessuna autorità sul governo, aveva però l'incarico di sostituire il [[Capo di Stato della CSI|Capo di Stato]] qualora quest'ultimo fosse stato incapacitato ad esercitare le sue funzioni, o fosse morto. A seguito della morte di [[Dooku]], infatti, [[Grievous]] assunse il controllo della Confederazione.