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Rapidamente, i Vong conquistarono [[Bimmiel]], [[Dubrillion]], [[Destrillion]], [[Dantooine]] e [[Garqi]], scatenando ovunque orrendi massacri e avviando la [[vongformazione]] dei pianeti sottomessi. Tuttavia, durante una missione su Garqi, [[Jacen Solo]] e [[Corran Horn]] scoprirono che i Vong morivano a contatto con il polline degli [[Albero Baffor|alberi Baffor]], di cui [[Ithor]] era piena. I Vong attaccarono il pianeta, ma Corran Horn riuscì a fare un patto con il comandante dell'invasione, [[Shedao Shai]]: avrebbero combattuto un duello che avrebbe deciso le sorti del pianeta. Dopo avere accettato, Shai fu sconfitto; tuttavia [[Tsavong Lah]], capo della [[casta dei Guerrieri]], ordinò di completare comunque l'attacco. I Vong rilasciarono un'arma biologica sul pianeta, generando morte e devastazione ovunque. Ithor fu da allora un mondo morto.
La ''debacle'' di Ithor portò peraltro il [[Consiglio dei Moff]] a mettere in minoranza il [[Grand'Ammiraglio]] [[Gilad Pellaeon|Pellaeon]], che voleva far entrare in guerra i [[Resti dell'Impero]] a favore della Repubblica, e la privò dunque di un alleato prezioso.
La notizia del disastro di Ithor sconvolse la [[Galassia]] ma contribuì anche ad un crescente [[anti-jedismo]] da parte di chi individuava nei Jedi guerrieri incapaci di risolvere la situazione o addirittura responsabili della guerra. La grave sconfitta della Repubblica nella [[Battaglia di Obroa-skai (Guerra degli Yuuzhan Vong)|Battaglia di Obroa-skai]] mise in crisi il suo governo. Se non altro [[Han Solo]] riuscì a recuperare una [[lacrima di Vergere]], unica cura all'epidemia delle spore Coomb, e che permise di salvare la vita a Mara Jade.
Una dubbia vittoria la si ebbe nella [[Prima Battaglia di Fondor (Guerra degli Yuuzhan Vong)|Prima Battaglia di Fondor]], dove l'enigmatico [[Thrackan Sal-Solo]] fece fuoco con l'arma nota come [[Stazione Centerpoint]], distruggendo la flotta vong, ma anche buona parte della flotta hapana sopraggiunta in soccorso della Nuova Repubblica.
Nonostante le atrocità dei Vong, c'era chi, nella Galassia, li vedeva già vincitori ed era disposto a scendere a patti con loro. Lo [[Spazio Hutt]] concesse alle loro flotte piena transibilità nel proprio territorio, mentre alcuni galattici filo-vong vennero inglobati nella [[Brigata della Pace]], che si occupava perlopiù di dare la caccia ai Jedi.
===Attacco al cuore===
Nei due anni successivi all'inizio dell'invasione, gli [[Yuuzhan Vong]] concentrarono i propri sforzi nel raggiungimento dei [[Mondi del Nucleo]]. La [[Rotta Corelliana]] fu completamente devastata dagli attacchi vong e gli [[Hutt]], dopo che ebbero cercato di negoziare con la Repubblica, vennero cacciati da [[Nal Hutta]] e dal resto dello [[Spazio Hutt]]. Alla Brigata della Pace venne concesso il potere formale sulla [[Repubblica Ylesiana]], che venne fondata a seguito della cacciata degli Hutt come stato fantoccio per dare l'illusione della magnimità dei Vong.
La Nuova Repubblica si trovava sempre più nel caos: mentre solo ora [[Borsk Fey'lya]] si rendeva conto che era impossibile raggiungere una pace durevole e che occorreva combattere con tutte le forze disponibili, il [[Senato della Nuova Repubblica|Senato]] creò un [[Comitato Senatoriale Scelto per i Rifugiati]], al fine di trovare un posto sicuro per le masse sterminate di profughi che arrivavano dai territori invasi. Questo luogo fu inizialmente individuato in [[Duro]], ma il pianeta fu poi conquistato dai Vong.
Un duro colpo per la Repubblica ed il [[Nuovo Ordine Jedi]] giunse quando [[Tsavong Lah]], intenzionato a distruggere i Jedi dalla Galassia, [[Battaglia di Yavin 4 (Guerra degli Yuuzhan Vong)|invase]] [[Yavin 4]]. Le sue forze massacrarono diversi Jedi prima che questi riuscissero a fuggire, e distrussero il [[Praxeum Jedi|Praxeum]] dove erano state addestrate generazioni di guerrieri della luce.
Inizialmente ai Jedi venne negata addirittura l'assistenza del governo repubblicano, finché Fey'lya non comprese l'estrema follia dietro questo atteggiamento e riprese a proteggere i Jedi. Poco dopo, comunque, [[Anakin Solo]] venne ucciso e suo fratello [[Jacen Solo]] fu catturato dagli invasori.
===La caduta di Coruscant===
Infine, nel [[27 ABY]], i Vong furono pronti ad attaccare [[Coruscant]]. Il pianeta fu teatro di una [[Prima Battaglia di Coruscant (Gurra degli Yuuzhan Vong)|violenta battaglia]] che fin da subito vide le forze della Repubblica indebolite e svantaggiate. Alla fine, con grande sconforto di tutti, fu ordinata la ritirata dalla capitale galattica; lo stesso Capo di Stato Fey'lya rimase ucciso in un'azione eroica. Con la ritirata dal pianeta, le forze della Repubblica si dispersero disordinatamente e i Vong presero il controllo di Coruscant, rinominandolo Yuuzhan'tar, come il loro mondo natio.
Nel disordine che ne seguì, il [[Senatore]] [[Pwoe]] si autoproclamò nuovo Capo di Stato e trasferì il [[Consiglio Consultivo della Nuova Repubblica]] su [[Borleias]]. La caduta del pianeta nelle mani dei Vong e il trasferimento di gran parte del Senato su [[Dac]] portarono al disconoscimento di Pwoe ma anche ad un'ulteriore confusione fra le forze della Repubblica.
Il [[Signore Supremo (Yuuzhan Vong)|Signore Supremo]] [[Shimrra Jamaane]] poteva proclamare la nascita di un [[Impero degli Yuuzhan Vong]], dal momento che la maggior parte del [[Mondi del Nucleo|Nucleo]] e del [[Nucleo Interno]] e ingentissime parti dell'[[Orlo Intermedio]] e dell'[[Orlo Esterno]] erano nelle loro mani.
