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Con lo scoppio delle [[Guerre dei Cloni]] l'Ordine Jedi si ritrovò ad essere come mille anni prima un'ordine di tipo militarista. I suoi membri passarono dall'essere dei monaci difensori della pace a generali alla guida di [[Grande Esercito della Repubblica|cloni]]. Si aprì un periodo di sanguinose battaglie che portarono alla perdita di molti Jedi. Sul finire della guerra il Generale [[Grievous]], leader dell'armata droide separatista, venne finalmente sconfitto dal Maestro [[Obi-Wan Kenobi]]. Con la morte di Grievous svanì anche l'ultima speranza per i separatisti di vincere la guerra. Il Consiglio Jedi, che da tempo aveva dei sospetti sulla vera natura del [[Cancelliere Supremo|Cancelliere]] [[Palpatine]], ordinò ad [[Anakin Skywalker]] di riferire la notizia al cancelliere. Fu a questo punto che Palpatine tolse la maschera, rivelando ad Anakin di essere il Signore Oscuro dei Sith. Skywalker andò subito ad informare il Maestro [[Mace Windu|Windu]] che insieme ai Maestri [[Saesee Tiin]], [[Agen Kolar]] e [[Kit Fisto]], entrò nell'ufficio del Cancelliere per [[Duello nell'ufficio del Cancelliere|arrestare]] Palpatine. Il tentativo fallì. Morirono tutti e quattro i Maestri Jedi ed Anakin Skywalker passò al [[lato oscuro]] diventando il nuovo apprendista di Sidious.